Piszę właśnie skrypt który automatycznie wykonuje backup całej bazy danych. Coś jak export w phpmyadmin. Idea jest taka, że Tworzymy plik konfiguracyjny z danymi do wybranej bazy mysql, uruchamiamy program z wiersza poleceń z nazwą pliku konfiguracyjnego podaną jako parametr, a skrypt w katalogu backup/mysql/{$nazwa_pliku_konfiguracyjnego}/{$data}.sql.gz utworzy nam skompresowaną paczkę z bazą.